La Conferencia de las Partes es el órgano rector del Convenio y promueve la aplicación del Convenio a través de las decisiones que adopta en sus reuniones periódicas.

Hasta la fecha, la Conferencia de las Partes ha celebrado 10 reuniones ordinarias y una reunión extraordinaria (esta última, dividida en dos partes, fue para adoptar el Protocolo de Seguridad de la Biotecnología). De 1994 a 1996, la Conferencia de las Partes celebró anualmente sus reuniones ordinarias. Desde entonces, estas reuniones se han realizado con una frecuencia un tanto menor y, a partir de un cambio en las reglas de procedimientos en el año 2000, ahora se celebrarán cada dos años.

La décima reunión ordinaria de la Conferencia de las Partes en el Convenio sobre la Diversidad Biológica se celebró en Nagoya, Japón, del 18 al 20 de octubre de 2010.