Las características peculiares que convierten a la diversidad biológica de las islas en algo tan especial también las vuelve especialmente frágiles y vulnerables. A pesar de los altos niveles de diversidad biológica y la prevalencia del endemismo, las especies de las islas no cuentan con muchos individuos, lo que las vuelve muy vulnerables a la extinción. Más aun, como las especies de las islas disminuyeron su capacidad de propagación y evolucionaron compitiendo con relativamente pocas otras especies, desarrollaron estrategias de supervivencia basadas en la interdependencia, coevolución y mutualismo, más que en los mecanismos de defensa frente a un espectro más amplio de depredadores y competidores. Como resultado de esto, muchas especies de las islas se han vuelto raras o están amenazadas y cuando se compara a las islas con los sistemas continentales, estas cuentan con una cantidad desproporcionada de extinciones de especies registradas. De las 724 extinciones de animales registradas en los últimos 400 años, aproximadamente la mitad correspondía a especies de las islas. Al menos el 90% de las especies de aves que se extinguieron durante este período vivían en las islas.
La pérdida de la diversidad biológica es una preocupación especial de las islas. El Informe de la Conferencia Mundial sobre el Desarrollo Sostenible de los Pequeños Estados Insulares en Desarrollo (también conocida como
Programa de acción de Barbados para el desarrollo sostenible de los pequeños Estados insulares en desarrollo), sostiene que la diversidad biológica de los ecosistemas de las islas está "entre la más amenazada del mundo", debido a su tamaño pequeño, el aislamiento y la fragilidad (Bridgetown, Barbados, 25 de abril al 6 de mayo de 1994, anexo II, preámbulo, párrafo 6). Más recientemente, la Evaluación de los Ecosistemas del Milenio extrajo la siguiente conclusión: los principales impulsores de la pérdida de la diversidad biológica permanecerán o bien aumentarán rápidamente. La proyección es que los impactos del cambio climático y de la contaminación originada en la carga de nutrientes serán más severos y que los impactos asociados al cambio de los hábitats, la sobreexplotación y, sobre todo, las especies invasoras seguirán siendo altos o, en el caso de estas últimas, muy altos.
Las economías de las islas experimentan profundamente esta presión. Los pequeños Estados insulares en desarrollo, que se encuentran entre los países en desarrollo más vulnerables, dependen de la conservación y utilización sostenible de la diversidad biológica para su desarrollo sostenible.
En el último siglo, la diversidad biológica de las islas experimentó intensa presión de:
